Les CGI sont très nombreux et présent dans plus de la moitié de l'animé. Cette technologie qui est de plus en plus utilisisée n'est pas sans poser de problèmes, à commencer par son incorporation dans l'animation traditionnelle. Les différences sont ici flagrantes et ont pour effets de distordre l'unité technique et filmique. Bandaï Visual et Masahiro Ozawa ont accouché d'une oeuvre batarde, coincée entre démonstration technologique (la plupart des scènes en images de synthèse font penser aux cinématiques des jeux playstation avec tout ce qu'elles comportent comme effets pyrotechniques hallucinants) et dessins traditionnels. Quant Hayao Miyazaki (Princesse Mononoke)ou encore Yasuo Ôtsuka (Rupin Senseï) sont interrogés sur l'utilisation de la 3D, ils ne sont pas complètement séduits. Et même s'ils reconnaissent qu'elle peut faciliter l'animation de certains éléments, cette technologie doit être savament intègrée au reste du DA et ne remplacera pas de toute façon la sensibilité du trait à la main. A l'évidence, ce ne fût pas la préocupation première du réalisateur de Blue Submarine No6.